Krościenko Wyżnę powstało ok. 1350 r. na mocy aktu lokacyjnego podpisanego przez Kazimierza Wielkiego i do 1772 r. należało do dóbr królewskich. Pierwsi osadnicy pochodzenia niemieckiego przybyli tu ze Śląska. Wkrótce potem wybudowano nieistniejący już drewniany kościół p/w św. Marcina.

Wieś w miarę upływu czasu rozrastała się obszarowo i ludnościowo. Okresy rozwoju przerywały klęski: zarazy, pożary i wojny toczone przez Rzeczypospolitą w XVII i XVIII w. W wyniku I rozbioru Polski Krościenko Wyżne zostało przyłączone do Austrii, której władze sprzedały następnie wieś hrabinie Katarzynie Jabłonowskiej. W 1846 r. doszło do zbrojnego wystąpienia chłopów przeciwko dworowi, a dwa lata później zniesienia ich poddaństwa i nadania im na własność użytkowanej ziemi. Od II połowy XIX w. zaczął się ruch emigracyjny spowodowany trudną sytuacją ekonomiczną. Od początku wieku XX prowadzono na terenie wsi wiercenia w poszukiwaniu ropy naftowej, które doprowadziły do otwarcia funkcjonującej do dziś kopalni na Górze Marynkowskiej.

W 1875 r. do Krościenka Wyżnego zostały sprowadzone Siostry Służebniczki. Dnia 30 maja 1912 r. św. Józef Sebastian Pelczar, biskup przemyski, konsekrował nowy neogotycki kościół p/w św. Marcina, wybudowany wg projektu Teodora Talowskiego z witrażami Stefana Matejki oraz polichromią Jana Henryka Rosena z 1936 r. Część wyposażenia wykonana została przez krośnieńskiego rzeźbiarza Andrzeja Lenika.

W 1945 r. Krościenko Wyżne zostało włączone do gminy Korczyna. 10 lat później stało się siedzibą gromady.

27 maja 1990 roku weszła w życie nowa ustawa o samorządzie gminnym z 8 marca 1990 roku. Tego dnia przeprowadzono pierwsze wybory do rad gminnych. Ustawa nadała samorząd i osobowość prawną gminom. Funkcję uchwałodawczą stanowi rada gminy wybierana w wyborach powszechnych. Organem wykonawczym był początkowo zarząd gminy na czele z wójtem wybierany przez radę gminy. Od 2002 roku organem wykonawczym jest jednoosobowo wójt wybierany przez mieszkańców gminy w bezpośrednich wyborach. Pierwsza kadencja rad gminnych (1990-1994) była okresem wielu, niekiedy dość burzliwych i zaskakujących zmian. W „samorządowy” etap Krościenko Wyżne weszło w składzie gminy Korczyna. W 1993 roku Rada Sołecka pod przewodnictwem sołtysa Tomasza Fejkla oraz przewodniczącego Rady Gminy Korczyna Zenona Lenarta wyszła z inicjatywą utworzenia gminy Krościenko Wyżne. Powołano zespół koordynujący w składzie:

  • Zenon Lenart
  • Tomasz Fejkiel
  • Adam Findysz
  • Adam Buczyński
  • Jan Marian Omachel z Pustyn.

Zadaniem zespołu było przygotowanie odpowiednich dokumentów i opinii potrzebnych do podjęcia decyzji przez premiera o powołaniu nowej gminy. Z początkiem 1995 roku na mocy § 9 Rozporządzenia Rady Ministrów z dnia 1 grudnia 1994 r. w sprawie utworzenia i znoszenia gmin, ustalenia ich granic, nazw i siedzib władz w niektórych województwach oraz nadania niektórym gminom statusu miasta (Dz. U. Nr 132, poz. 671) powołano gminę Krościenko Wyżne złożoną z miejscowości: Krościenko Wyżne, Pustyny i przysiółka Łążek wyłączonych z gminy Korczyna. Do końca 1998 roku gmina Krościenko Wyżne wchodziła w skład województwa krośnieńskiego. Z dniem 1 stycznia 1999 roku, w związku z reformą administracyjną, została włączona do województwa podkarpackiego i powiatu krośnieńskiego.